Od mládí bylo jeho snem realizovat otcův projekt koněspřežné dráhy České Budějovice-Linec a důkladně se na to připravoval. Vystudoval na pražském polytechnickém ústavu, byl jmenován professorem praktického měření (geometrie) na polytechnice ve Vídni (1818). Za studiem železnic podnikl roku 1822 cestu do Anglie. Vzdal se professury, roku 1823 započal za otcova vedení předběžné práce k železné dráze (koňské) z Budějovic do Lince, první to dráze na evropské pevnině). Když roku 1824 došlo svolení ke stavbě, byl Gerstner jmenován ředitelem stavby. Roku 1826 Gerstner opět podnikl studijní cestu do Anglie, kde se seznámil s parní železnicí, a po návratu zahájil roku 1827 stavbu od Budějovic. V té době se však už Gerstner dokonale seznámil s parním provozem a s původně projektovanou koňkou se nechtěl smířit, chtěl uplatnit zásady nutné pro parní provoz.

Když se po ukončení první poloviny stavby (1829) o délce 8 1/5 míle vyčerpal kapitál 1 mil. zl., rozhodli se akcionáři pokračovat sice ve stavbě, ale s menším nákladem, ovšem na újmu dokonalosti. G. nechtěl nésti zodpovědnost za nedokonalé provádění. Po nesčetných sporech s investory stavby ji nakonec zanechal nedokončenou. Vzdal se ředitelství a zároveň všech původně jemu zajištěných výhod a odebral se opět do Anglie. V l. 1830 – 32 zastupoval otce svého v přednáškách na polytechnickém ústavu v Praze.

Po otcově smrti odebral se do Ruska (1834) stavět za státní peníze veřejnou parní dráhu z Petrohradu do Carského Sela (1837).  Nesnáze s ruskou byrokracií nebyly však o nic menší než v Rakousku. Nakonec se mu ze všech smělých plánů podařilo realizovat jen dráhu Petrohrad - Carské Selo. Tam vychoval Gerstner celou generaci mladých odborníků, absolventů pražské polytechniky. Vždyť z 13 inženýrů činných při stavbě této dráhy bylo 12 Čechů. Aby získal potřebné zkušenosti, prošel spolu s nimi Gerstner všechny významné evropské železnice - v Belgii, v Německu. Navštívil rovněž Anglii, mateřskou zemi železniční dopravy, a setkal se tu se Stephensonem. Prvé zkušenosti získal u Gerstnera i Jan Perner.

Stavba železnice z Petrohradu do Carského Sela byl znamenitý technický výkon; kromě vlastní dráhy bylo třeba od základů vybudovat i potřebné zázemí, dílny atd.

Po dokončení stavby roku 1832 cestoval Gerstner znovu Evropou, dále studoval železnice a chystal velkorysý projekt železniční sítě rakouské říše.

Potom se s Angličanem Cockerillem připravoval vystavět dráhu z Moskvy do Petrohradu a odebral se roku 1838 do Ameriky, tam však uprostřed plných tvůrčích sil zahynul při pouliční nehodě v Philadelfii.

Spisy:

Lehrgegenstände d. prakt. Geometrie (Vídeň, 1819);
Über die Vortheile der Anlage einer Eisenbahn zwischen der Moldau und Donau (t., 1825);
Über die Vortheile der Unternehmung einer Eisenbahn zw. d. Moldau u. Donau (t., 1829);
Sammlung der Actenstücke in Betreff der Ausführung der ersten österr. Eisenbahn zw. der Moldau u. Donau (t., 1827);
Bericht ü. d. Stand der Unternehmung der Eisenbahn zwischen St. Petersburg nach Zarskoje Selo und Pavlovsk (Lipsko, 1838).
Velikou jeho zásluhou je vydání otcovy trojdílné mechaniky, již doplnil zejména studiemi o angl. drahách.
Jeho studie o Americe byly uveřejněny jednak jeho chotí Klárou pod názvem: Beschreibung einer Reise durch die Verein. Staaten v. Nordamerika in d. J. 1839 bis 1840 (Lipsko, 1842), jednak se stanoviska technického L. Kleinem s názvem: Die inneren Communicationen der Verein. St. v. Nordamerika (Vídeň, 1842 – 43).