Narodil se roku 1835 ve Vídni do hořínsko-mělnické větvě Lobkoviců, jeho rodiči byli Augustin Longin Lobkowicz (1797–1842) a Anna Bertha ze Schwarzenberku (sestra pozdějšího kardinála a pražského arcibiskupa Bedřicha ze Schwarzenberku). V letech 1852–1856 vystudoval právo na Karlo-Ferdinandově univerzitě a následně pracoval ve státních službách. V roce 1859 nastoupil jako okresní aktuár. Na protest vůči vládní centralizační politice státní službu roku 1862 opustil a po zbytek života se angažoval jen ve samosprávných úřadech Českého království. Roku 1865 se stal starostou okresního zastupitelstva na Mělníku a do této funkce byl pak zvolen ještě dvakrát, roku 1872 jej však císař František Josef I. v této funkci nepotvrdil, a tak se Jiří Kristián Lobkowicz soustředil na písecký okres, kde záhy získal stejnou funkci.
Roku 1865 se Jiří Kristián oženil s Annou Lichtenštejnovou a byl poprvé zvolen do Českého zemského sněmu a roku 1871 se navíc na krátkou dobu stal poprvé i nejvyšším maršálkem Království českého (zemský maršálek – předseda zemského sněmu). Roku 1883 jej císař do této funkce jmenoval znova a tentokrát v ní Jiří Kristián setrval až do roku 1907. Na zemském sněmu zasedal v období let 1865–1872 a 1883–1907.
Politicky se řadil do Strany konzervativního velkostatku úzce spolupracující s Národní (staročeskou) stranou. Aliance mezi česky cítící šlechtou a českými liberály utvořená hned počátkem 60. let s obnovou ústavní vlády měla pro obě strany své výhody; šlechtě zaručovala dynamičtější sociální základnu, liberálům dodávalo spojenectví s aristokraty vážnosti pro jejich argumenty ohledně českého státního práva. Byl podobně jako Karel III. Schwarzenberg, Egbert Belcredi nebo Jindřich Jaroslav Clam-Martinic představitelem historické šlechty, orientované federalisticky, odmítající unifikaci a centralizaci rakouského státu a trvající na zachovávání historických zemských práv a státoprávní odlišnosti zemí koruny české. S nelibostí ovšem sledoval vzestup etnického nacionalismu, jemuž se snažil čelit například důsledným užíváním obou zemských jazyků, češtiny i němčiny, a snažil se dosáhnout česko-německého usmíření. V postupně liberalizující se společnosti ovšem jeho ideje nacházely stále menší ohlas.
V roce 1866 na jednání zemského sněmu společně s českými liberálními politiky jako František Ladislav Rieger ostře odmítal ústavní rámec daný únorovou ústavou a kritizoval rakousko-uherské vyrovnání, které v roce 1867 přineslo dualistické řešení státoprávních problémů monarchie, aniž by ale vyšlo vstříc českým autonomistickým aspiracím.
Aliance mezi českými liberály a historickou šlechtou ožila v roce 1870, kdy nový předseda vlády Alfred Potocki inicioval rozhovory s českou opozicí a kdy se očekávala možnost dohody a naplnění českých požadavků. Jednal tehdy osobně ve Vídni s Potockým. Konkrétní výsledky ale Potockého kabinet pro řešení české otázky nepřinesl. Výraznější posun ve vztazích mezí Vídní a českou politickou reprezentací přinesla až následná vláda Karla von Hohenwarta v roce 1871. Právě tehdy v září 1871 bylo ohlášeno jako vstřícné gesto, že panovník jmenoval Lobkowicze zemským maršálkem. V této době vrcholil pokus o česko-rakouské vyrovnání (takzvané fundamentální články), který ale pro odpor části vídeňských politiků nebyl nakonec uveden do praxe. Následnou frustraci české veřejnosti ještě prohloubil fakt, že díky manipulacím a nátlaku přinesly zemské volby v Čechách 1872 (chabrusové volby) provládní (provídeňskou většinu) na zemském sněmu a vláda zároveň prosadila zavedení přímé volby do Říšské rady (celostátní zákonodárný sbor), čímž oslabila roli zemských samospráv. Jiří Kristián Lobkowicz v únoru 1873 na protest proti těmto změnám předložil císaři petici s 270 000 podpisy, odmítající ústavní změny.
V prvních přímých volbách do Říšské rady roku 1873 kandidoval za Národní (staročeskou) stranu, protože šlechtická Strana konzervativního velkostatku se voleb zcela odmítla na protest účastnit a staročeši nominací několika aristokratických osobností na své kandidátní listině dávali najevo soudržnost českého opozičního postoje. Získal mandát v Říšské radě za městskou kurii, obvod Mladá Boleslav, Turnov atd. V souladu s tehdejší českou opoziční politikou pasivní rezistence (bojkot ústavních institucí) ale mandát nepřevzal a do sněmovny se nedostavil, čímž byl jeho mandát i přes opakované zvolení prohlášen za zaniklý. Spojenectví se staročechy považoval za zcela nezbytné a trval na jeho zachování i v období po smrti Františka Palackého roku 1876, kdy se v mocenském boji o nástupnictví v čele staročeské strany objevily i protikatolické a protišlechtické akcenty u Jana Stanislava Skrejšovského. V korespondenci s ostatními aristokratickými předáky varoval, že „kdyby se toto spojení mělo změnit v otevřené nepřátelství, byli bychom my politicky zcela vyřízeni, a to nejen v Čechách, ale vůbec.“
V roce 1879 Eduard Taaffe, tehdy představitel konzervativního německorakouského tábora, inicioval jednání s českou opozicí (liberální i šlechtickou), na jejichž konci byl český vstup na Říšskou radu, zahájení aktivní politiky a přechod Čechů do provládního tábora. Lobkowicz se v září 1879 účastnil jako jeden z pěti českých emisarů klíčové porady s vládními delegáty ve Vídni, kde byly dohodnuty parametry tohoto obratu v české politice. Již předtím v dubnu 1879 pobýval ve Vídni na oslavě stříbrné svatby císaře Františka Josefa, kde se české šlechtické špičky neformálně usmířily s vídeňským dvorem. Ve volbách do Říšské rady roku 1879 byl Lobkowicz zvolen za kurii venkovských obcí, obvod Písek, Strakonice atd. Tentokrát mandát převzal.
Po volbách v roce 1879 se na Říšské radě připojil k Českému klubu (jednotné parlamentní zastoupení, do kterého se sdružili staročeši, mladočeši, česká konzervativní šlechta a moravští národní poslanci). Lobkowicz se stal místopředsedou klubu, ale po krátké době ho vystřídal Jindřich Jaroslav Clam-Martinic. V listopadu 1879 se účastnil v tříčlenné delegaci audience u panovníka, kterému byl předán spis s oficiálními českými požadavky, kterými byl podmíněn český provládní postoj. Obsahovaly zejména jazykové a školské otázky, které byly zčásti naplněny následujícího roku, kdy byla vydána takzvaná Stremayrova jazyková nařízení. Během prvních let nového uspořádání, kdy se vláda Eduarda Taaffeho opírala o českou podporu, docházelo v českém aristokratickém táboře k jistým názorovým posunům, které historik Otto Urban označuje jako počešťování české šlechty (myšleno v jazykovém smyslu). Předáci historické šlechty se od zemského vlastenectví dostávali i na pozice etnického češství. Silně to bylo patrné u Jindřicha Jaroslava Clam-Martinice, ale i Jiří Kristián Lobkowicz byl ve Vídni hodnocen podobně, a když měl být v roce 1883 opětovně instalován na pozici zemského maršálka, nebyla jeho nominace panovnickým dvorem přijímána jednoznačně, protože se o něm soudilo, že příliš podléhá Clam-Martinicovu vlivu.
V Poslanecké sněmovně Říšské rady setrval Lobkowicz do roku 1883. Rezignace na mandát byla oznámena na schůzi 22. ledna 1884. Od roku 1883 byl členem Panské sněmovny (jmenovaná horní komora Říšské rady). V Panské sněmovně zasedal až do roku 1907. Nadále byl aktivní v politickém životě. V roce 1890 patřil mezi vyjednavače v pokusu o česko-německé vyrovnání v Čechách (takzvané punktace). To ale čelilo rostoucí kritice mladočechů, která vedla k výraznému oslabení staročeských pozic. Lobkowicz se stal rovněž terčem mladočeské agitace, když v roce 1893 jako zemský maršálek otevřel projednávání návrhu na zřízení krajského soudu v Trutnově (jeden z bodů punktačních dohod, který posiloval správní samostatnost převážně etnicky německého severovýchodu Čech). Mladočeši na projednávání reagovali protesty a výtržnostmi přímo v zasedacím sále. Následně byla implementace punktačních dohod zcela zastavena. Na rozdíl od staročechů, které odpor proti punktacím z velké části vymazal z politické scény, si Strana konzervativního velkostatku udržela stabilní pozice díky kuriovému systému na zemském sněmu. Lobkowicz tak až do počátku 20. století hrál v zemské a konzervativní politice významnou roli.
Od roku 1883 zastával také funkci tajného rady a za své služby byl roku 1903 odměněn řádem Zlatého rouna, 1890 velkokřížem Leopoldova řádu a 1905 velkokřížem řádu sv. Štěpána.
Jiří Kristián Lobkowicz zemřel na konci roku 1908 v Praze a byl pohřben v rodinné hrobce v Hoříně.