Rod pochází prapůvodně ze Švédska, kde jeho příslušníci žili v uppsalském biskupství. V 15. století odešel Johannes Magnis do Říma. Do Čech, respektive na Moravu, přišli již v 16. století z italské Lombardie.

Počátky rodu sahají k osobě Séra Gaspare (Parolo) Magni činného v Luragu u Komského jezera. Jeho vnuk Sér Gaspare (Gabbaglio) Magni se roku 1445 usadil v Comu. Díky úspěšné obchodnické činnosti v Comu a Miláně získali někteří členové rodu významné postavení a vstoupili do rakouských císařských služeb. U císařského dvora dosáhli vysokých úřadů a získali panství v Čechách (1622 Žleby), na Moravě (1624 Moravec, Mitrov, Rožná, Meziboří, Bukov, Jabloňov, 1628 Strážnice), ve Slezsku  v Kladském hrabství (1780 Vambeřice, 1791 Božkov, 1793 Oldřichovice, v Polsku Vojeboř, Scinawka Srednia, Gorzuchów, aj.).

Český stav svobodných pánů získali v roce 1622, český hraběcí stav v roce 1635. Hlavním sídlem rodu se až do konce druhé světové války stala Strážnice. Franz (+ 1623), zakladatel strážnického fideikomisu, bojoval v bitvě na Bílé hoře v řadách císařského vojska spolu se svým bratrem Filipem. V roce 1780 zdědil Anton Alexander von Magnis panství v Božkově (Eckersdorf) v Dolním Slezsku. Nechal zde zrekonstruovat zámek pocházející z 16. století a založil zámecký park. Stal se také průkopníkem moderních zemědělských metod.  Jeho syn zde v roce 1829 založil cukrovar. Po 2. světové válce byl majetek včetně zámku rodině zkonfiskován.
V letech 1622–29 drželi panství Žleby v Čechách. Nejvýznamnější část rodového jmění vybudovali na Moravě (panství Strážnice), později získali panství Přestavlky, Přerov a další.
V době pobělohorské získávají panství zpustošené po předchozím válečném období Magnisové. Strážnické panství si po bitvě na Bílé hoře v roce 1628 zakoupil za 200 000 zlatých František von Magnis, později jako říšský hrabě, polní maršál a moravský zemský hejtman, jenž byl ve službách císaře Ferdinanda III. Habsburského. Pocházel z italského katolického rodu a odtud sem také v roce 1633 povolal řád piaristů. Jako proslulému diplomatovi se mu během třicetileté války podařilo panství ochránit před švédským vojskem. Snažil se po válečných útrapách o obnovu panství. V procesu rekatolizace mu byl nápomocen jeho bratr Valerián, mnich kapucínského řádu a rádce pražského arcibiskupa Arnošta Vojtěcha z Harrachu. Oba byli zastánci mírnějších metod vůči nekatolíkům, než praktikovali např. jezuité. Piaristé zvolili nenásilnou formu práce s mládeží a navázali tak i na školství jednoty bratrské.
Na konci 19. století zdědil Strážnici hrabě Antonín František Magnis (1862-1944), pruský konzervativní politik a přívrženec maršála Hindenburga. Jeho bratr František Karel Magnis (1863-1935) se aktivně podílel na potlačování německého levicového hnutí spartakovců. Posledním majitelem Strážnice byl hrabě Ferdinand Magnis (1905-1996).