Vyrůstal v otcově zaprášené mlýnici. V elementární škole neměl nijak valný prospěch, ale nakonec patřil mezi dobré žáky. Sny o tom, že bude stavět lidem domy a cesty se nelíbil otci, který chtěl aby se doma vyučil mlynářem a převzal mlýn. Poté, co si nechal před svědky na návsi vyplatit svůj synovský podíl se rozešel s otcem a studoval na pražské polytechnice. Aby měl na studia, vydělával si doučováním.

Po studiích marně hledal místo, až zakotvil v Jičíně, kde získával první zkušenosti při stavbě silnic a hospodářských budov. V roce 1836 jeho profesor z polytechniky F. A. Gerstner získal od ruského cara výsadu ke stavbě dvou krátkých železnic v Petrohradské gubernii a hledal česky mluvící absolventy techniky. Perner se tak stal jedním ze čtyř Gerstnerových inženýrů. Dva měsíce pobýval na studijní cestě po německých, belgických i anglických drahách. S Gerstnerem se však záhy rozešel. Na překážku byla Pernerova ctižádostivost, vytrvalost a pracovitost a také dobré nápady. Ty ovšem směly vycházet jen z Gerstnerovy hlavy.

Strastiplnou cestou a bez prostředků se vrátil domů, ale jeho talent nezůstal dlouho nevyužit. Jako vrchní inženýr dostal na starost vedení dráhy na saské hranice. I jeho zásluhou vede železnice nejpřirozenější cestou údolím a soutěskami Labe. Jeho uvědomělost a pozoruhodná pokrokovost se projevila i v jiných případech. Přestože v tehdejší době neexistovaly ani všeobecné představy o ochraně kulturních, historických nebo přírodních památek, je právě Pernerovou zásluhou, že zůstaly stavbou železniční dráhy nedotčené např. povltavské geologické útvary. Perner byl mimořádně nadaný a zároveň zkušený technik, který se snažil většinu závažných otázek řešit pobytem přímo v terénu a se znalostí věci. Jeho velkým úspěchem je mj. i umístění dnešního nádraží Praha-střed, které se v dalších letech ukázalo jako naprosto optimální. Jeho stavitelský um vyvrcholil stavbou dráhy Praha-Olomouc.

Masarykovo nádraží v roce 1850

Začátkem září 1845 odjel ing. Jan Perner na Moravu a vracel se odtud 9. září 1845 po železnici. V choceňském tunelu se postavil na stupeň, aby si tunel prohlédl. Chtěl se podívat na portál tunelu, vyklonil se a při vjezdu do stanice byl zasažen sloupem, takže byl těžce zraněn a svým zraněním druhý den dopoledne podlehl. Už dříve upozorňoval Perner, že vjezdy na nádražích jsou příliš úzké, ale pro odpor vedoucích inženýrů, při architektonické stavbě nebyla sjednána v tomto směru náprava. Pernerova smrt byla pohromou pro celý národ. K jeho pohřbu do Pardubic se sjela spousta jeho přátel a ctitelů. Z Prahy byl kvůli tomu vypraven do Pardubic zvláštní vlak.