První písemná zmínka o obci - v té době nerozlišené na Malé a Velké Všelisy - je z roku 1180, kdy český kníže Bedřich daroval vesnici pražskému biskupu Velišovi. Obec měla zajišťovat výživu kněží a mnichů na Hradčanech, Vyšehradě a Staré Boleslavi. Další historické zprávy jsou z roku 1338, kdy byly Všelisy majetkem Staroboleslavské kapituly.

V 16. století došlo k rozdělení obce na Velké a Malé Všelisy. Malé Všelisy byly nazývány také Všelisky nebo – kvůli svému propojení s Hradčany a Vyšehradem – rovněž Pražské Všelisky.

Následná historie Malých a Velkých Všelis je plná jejich slučování a rozdělování: v roce 1842 byly tyto dvě obce administrativně sloučeny. V roce 1921 byly naopak osamostatněny a tento stav trval do roku 1979. Ke dni 1. 1. 1980 byly Malé Všelisy administrativně připojeny k Velkým Všelisům spolu s obcemi Zamachy a Nemyslovice, které byly do té doby také samostatné. Nemyslovice vydržely ve společném svazku jen do 30. 6. 1990.

Velké Všelisy zahrnují Velké Všelisy, Malé Všelisy, Peklo, Skřivany, Zákal, Zamachy, Chaloupky, Syslov

Statek patřil rodu Vraných nejméně od Jana Vraného, tedy přibližně od roku 1650. Václav Vraný patrně statek prodal a rodina se odstěhovala do USA.
 

Všelisy Malé čili Pražské, osada, hejtmanství a okres Mladá Boleslav, fara a pošta Bezno, 23 domů, 196 obyvatel (1900), 3tř. škola

Všelisy Velké ves, 77 domů, 579 obyvatel (1900), poplužní dvůr Skřivany, Alod. statek, se zámkem a dvorem drží Ed. Weinmann. V 15. stol. uvádějí se Mikeš Devole a Prokop z Všelis, potom Bzenští z Porubě, z nichž Markéta provdala se r. 1626 za rytíře z Gerštorfu a Všelisy věnem mu přinesla. Kolem roku 1693 uvázali se v držení Všelis Věžníkové z Věžník, z nichž Valburga, poslední z rodu, provdala se 1827 za Josefa hraběte Sporcka, jehož dědicům Všelisy potom náležely. (Ottova encyklopedie)