Vycházíme ze svědectví Bohuslava Schnircha, že viděl vycházet kouř zpod střechy na dvou protilehlých místech. Protože víme (Miroslav Ivanov), že ten den vál mírný vítr, považujeme oficiální verzi o vzniku požáru za neudržitelnou. Pokud byla pod střechou dvě ohniska, byl požár úmyslně založen, nemohl se šířit z jednoho místa. Nejpravděpodobnější verzí je, že požár založil některý německých studentů. Ve vyšetřování se angažoval František L. Rieger, v té době poslanec Říšské rady i Českého sněmu. Je pravděpodobné, že se obával vyhrocení nepokojů mezi českou a německou částí obyvatel, které by vyústilo v násilný střet a novou absolutistickou mocenskou politiku, proto směřoval vyšetřování směrem k tomu, že požár způsobili nešťastnou náhodou zámečníci. Soudní jednání, zdá se podle dochovaných protokolů, bylo zmanipulováno. Soud odmítl již tehdy navrhované provedení experimentální zkoušky, která by vyvrátila možnost, že požár způsobily uhlíky zámečníků. Bohuslav Schnirch, stavbyvedoucí Antonín Kusý, hasič Zahrádka ani kominík Borovička nebyli přizváni k soudnímu jednání, ačkoli byli s Josefem Tulkou nejautentičtějšími svědky, byli u požáru na samém počátku.  Symbolický trest udělený soudem zámečníkům Jenischovi a Ziniburgovi nasvědčuje tomu, že i soud si byl vědom, že jde jen o uklidnění atmosféry. Později provedené a dokonce opakované experimentální pokusy naznačují, že od žhavého uhlí na střeše požár nemohl vzniknout. Několik lidí, kteří měli k Národnímu divadlu blízko a kteří mohli znát pravdu, bezprostředně po požáru zásadně změnili běh života, patrně z morálních důvodů. Jan Neruda, který se jako novinář pravděpodobně rychle dopracoval ke skutečné příčině požáru, se veřejně zavázal, že do Národního divadla už nikdy nevstoupí a svůj slib splnil, zároveň si v posední vůli vymínil, že nesmí být pohřben na vyšehradském Slavíně mezi hlavní představitele českého národa. Josef Tulka, který shodou okolností v době vzniku požáru pracoval na lunetách na lodžii v průčelí budovy divadla, z tohoto místa zcela jistě musel vidět, pokud by někdo v době vzniku požáru vycházel z budovy, takže mohl poskytnout nejdůležitější svědectví. Nebyl jako korunní svědek k soudu pozván. Po požáru dokončil práce, ke kterým se smluvně zavázal, rozešel se se svou přítelkyní Augustou Brzorádovou, zničil téměř všechny své malířské práce, odešel do Itálie a tam vstoupil do kláštera. Josef Zítek, který měl spolu s Riegrem přístup ke všem informacím, rovněž prohlásil, že do budovy Národního divadla už nikdy nevstoupí, přestal víceméně projektovat a zbytek života strávil v ústraní na statku mimo českou společnost. Bohuslav Schnirch, bez jehož práce by nebylo možné divadlo znovu postavit, sice na divadle i po požáru pracoval, ale odmítl dědičný titul barona udělený právě za podíl na výstavbě. Později ještě jednou odmítl stejný titul udělený za sochu Jiřího z Poděbrad vystavenou na Všeobecné zemské a jubilejní výstavě Království českého v Praze v roce 1891. Svá svědectví všichni uvedení nepochybně poskytli Nerudovi, pravděpodobně cítili morální problém v souvislosti s postupem předsedy Sboru pro postavení národního divadla Františka L. Riegra.